中枢神经系统位置固定，不受呼吸心跳等各种运动伪影的干扰，最适合MR检查。脑：1，脑血管病变1）缺血性脑中风：动脉粥样硬化性脑梗塞，腔隙性脑梗塞等。2）出血性脑中风：脑出血，蛛网膜下腔出血，硬膜下及硬膜外血肿。3）双重性脑中风。4）脑动脉瘤，动静脉畸形。MR能显示DSA和CT均不能显示的隐性血管畸形，尤其是海绵状血管瘤。5）静脉窦血栓形成可在MR上确诊。2，感染与炎症：各种细菌，病毒，霉菌性脑炎与脑膜炎，结核性脑炎和脑膜炎都在MR上有其相应的表现。对脑囊虫病，脑包虫病可做定性诊断。3，颅脑肿瘤：绝大多数脑瘤在MR上都有形态和信号两种改变。MR 能清楚地显示中线偏移，脑室受压等占位效应，某些特殊的肿瘤如脂肪瘤，畸胎瘤可根据其典型的信号作出初步判断。大多数垂体瘤可在MR上确诊。4，脑白质病变：MR对多发性硬化，弥漫性硬化有重要价值，可确诊肾上腺脑白质营养不良。除此之外，MR对颅脑外伤，脑退形性变，蛛网膜下腔病变如脑积水，室管膜囊肿都很敏感。
    脊髓：MR图象可从矢状位，横轴位和冠状位直接显示脊髓，椎体，间盘。对椎管狭窄，椎间盘变性突出，椎体骨质增生都相当敏感。可以直接显示脊髓空洞，髓内出血，硬膜下及硬膜外血肿，多种髓内髓外肿瘤。
肺与纵隔：虽然脂肪和血管的良好对比度易于显示纵隔肿瘤及其与血管的解剖关系，可区分肺门淋巴结与大血管，但由于心脏及大血管搏动伪影的影响，MR检查略逊CT。
    上腹部：MR能显示肝囊肿，血管瘤，肝癌，肝转移癌等，重T2加权像对血管瘤的诊断有重要价值。也可以显示胆囊结石，胰腺病变，梗阻性黄疸梗阻的部位等，但由于上腹部受呼吸伪影的影响，MR成像并不比CT有明显的优势。
     盆腔：盆腔脏器位置、肿瘤、先天发育异常等。